2023年11月，生物信息学领域知名刊物 《Bioinformatics》 在线发表了题为“PhasiHunter: a robust phased siRNA regulatory cascade mining tool based on multiple reference sequences”的研究论文。
PhasiRNA (phased small interfering RNA) 是植物中含量十分丰富的一种非编码小RNA，一般为21-nt或者24-nt，其在植物抗逆和生长发育等多种生物学过程中发挥了重要的调控作用。通过计算的方法从高通量测序数据中快速、准确地预测出phasiRNA调控途径对于其生物学功能研究十分重要。本研究开发了一个新的phasiRNA调控途径预测程序PhasiHunter。相较于其他同类软件，PhasiHunter具有几个新的特性：（1）整合了以表达值为核心的 phase score 算法以及以超几何分布检验为核心的小RNA富集分析的算法，预测的准确性和灵敏度相对于其他软件更高；（2）支持同时基于多种参考序列进行 phasiRNA 及其调控途径的预测，并自动对结果进行有效整合；（3）可以有效地识别通过可变剪接事件产生的phasiRNAs；（4）合适的数据结构和并行计算设计使得PhasiHunter能够高效地预测phasiRNA及其调控途径。
为了便于部署和使用，PhasiHunter 也提供了conda / mamba 配置文件、docker镜像以及基于yaml配置文件的一键运行功能。PhasiHunter 目前已经开源在GitHub网站，其访问网址为https://github.com/HuangLab-CBI/PhasiHunter。
该论文的署名单位为南京农业大学，我校已毕业硕士生奉泽荣为该文的第一作者，黄骥教授为论文通讯作者。