为贯彻落实《省政府办公厅转发省教育厅省财政厅江苏高等学校协同创新计划的通知》（苏政办发[2012]190号）要求，四高校研究生管理部门依据实施方案的具体要求，结合国家研究生教育和学位管理的政策、联系学校实际，探索与国际接轨的博士生培养“特区”模式，特制定人才协同培养办法。
1、招生与选拔机制
中心单列研究生招生计划，统一招生、联合培养，适当增加中心导师的博士生招生指标。
硕士研究生招生选拔以推荐免试方式为主，统一招考为辅。博士研究生招生实施“申请+考核”制度，并允许导师根据所从事的不同科研方向和承担的各类科研任务情况跨学科招收博士研究生，充分发挥导师和团队在博士生招生中的作用，提高博士生招生工作的科学性和灵活性。
设立“2011专项奖学金”，在学校原有奖学金的基础上，进一步提高研究生在中心学习期间的待遇，吸引最优秀生源报考协同创新中心相关学科。
2、培养与课程建设
研究生联合培养：中心通过校校、校院、校企联合研究生的培养模式，整合协同体内各高校已有优秀课程资源，实现合理共享，满足学生培养的个性化需求。采取“导师组集体指导，主管导师负责”的研究生指导方式。中心研究生培养实行在中心3个以上实验室学习工作的轮训制。
改进课程体系：中心参考国际知名大学课程体系，从课程目标、教学内容、教学方式、教材编写等方面，结合学科的现状和未来发展趋势，构建结构合理、具有较高理论和实践水平的研究生课程体系。核心课程主要采取引进国外高水平公开课程，与国外高水平大学知名专家共建课程的方式，采用全英文授课，部分专业课程、创新实践课程、学科前沿系列讲座聘请国内著名学者、企业负责人等进行讲授，设立研究生优秀教材，提升课程教学质量。中心成员开设“拼盘式课程”并加强网络课程建设。中心成员单位之间课程互选、学分互认，实现优质课程资源共享。
3、学位授予
改革博士学位论文评审制度：中心实行博士学位论文国际评审与答辩，促使博士生培养融入国际学术交流与竞争。
设立学位分委员会：制定中心内统一的研究生学位授予办法。成立学位评定分委员会，审议评定研究生的学位申请，直接提交平台（分中心）依托高校学位评定委员会审议，在相应学科授予学位。
实行弹性学制：修业年限一般博士生3-5年，硕博连读生5-7年，培养方式与国际接轨。
4、国际交流
设立博士生短期访学计划，资助博士研究生到国外本学科领域一流大学或研究机构进行短期研究和访问，开阔国际视野、提高国际竞争力，并促进导师与国外高水平学者在人才培养和科研方面开展更紧密的合作。
设立优秀博士生国际会议资助计划，资助博士生参加境外高水平国际学术会议、与境外一所或多所著名大学共同举办双边或多边的博士生学术论坛，为优秀博士生创造更多的参与国际学术交流的机会。
优先推荐中心研究生申报国家高水平研究生国际联合培养等计划。
5、奖助机制
中心设立研究生创新创优基金，对学业优秀、科研成果突出等优秀研究生给予奖励。
（1）设立全国优博论文培育基金。每年从二年级博士研究生中选拔10%进行优秀博士论文培育。
（2）设立研究生科研创新基金。每年通过发布课题指南、个人申请、导师组推荐等程序，遴选出部分优秀研究生进行科研创新资助。
（3）设立优秀研究生专项奖学金。在研究生国家奖学金的基础上，中心再评选出30%的优秀研究生给予奖励。
（4）设立研究生国外联合培养基金。对选拔上的国际联合培养研究生进行学业奖励。
（5）设立研究生暑期学校。每年举办一次研究生暑期学校，邀请本领域国际一流学者到中心讲座，开展研究生专题讨论或现场观摩实践等，提高研究生培养质量和创新能力。