以江苏主要农作物产业发展的重大科学问题和技术需求为牵引，整合南京农业大学、南京大学、浙江大学、安徽农业大学、江苏省农科院、江苏省作物栽培技术指导站、江苏省农垦农业发展股份有限公司等协同单位的特色与优势，以科技创新、人才培养、学科建设为核心，创新资源和要素的有机融合，发挥“政产学研推用”综合优势，建成区域特色明显、开放有序、运行高效的协同创新体，服务江苏作物生产的现代化。
集聚和培养本领域拔尖创新人才，培育提升一批科技创新团队，产出一批重大标志性科技成果，使主要农作物种质资源创新与新品种选育、优质种子生产理论与技术、现代作物生产管理理论与技术、农业推广服务模式创新4个方向整体水平达到国内领先、国际先进；把中心建成现代农作物生产理论与技术的学术高地、技术创新中心、人才培养基地及国际交流平台。